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圖賓根大學共有7個院系，分別是新教神學系，天主教神學系，法學系，醫學系，哲學系，數學與自然科學系，經濟與社會科學系。該7個院系下擁有逾280個專業：
新教神學系：福音派神學，猶太教學
天主教神學系：天主教神學
法學系：法學
哲學系：埃及學，修辭學，普通語言學，古代近東語言文字學，美國研究，英/美研究，阿拉伯語，中世紀考古，計算語言學，德語，德語作為第二外語（德語教學法），德國文學，英語，英語語言學，英語文學和文化，民族學，人類學/社會及文化人類學，法語，日耳曼學，德語語言學，歷史，希臘語，印度學/南亞研究，跨學科美國研究，跨文化法國和德國研究，國際文學，意大利語，日本研究，古典考古學，韓語，藝術史，拉丁語，文學與文化理論，媒體研究，現代印度學，音樂學，哲學，哲學/倫理學，東亞地區的政治和社會，葡萄牙語，俄語，瑞典語，漢學，漢學/中國研究，斯拉夫文學與文化研究，斯堪的納維亞學，斯拉夫語言學，斯拉夫研究，西班牙語，日本語言與文化，羅曼語文學，羅曼語言學，中東地區的語言，歷史和文化，土耳其語，史前史和早期歷史，史前與早期考古學，史前，早期與中世紀考古學，近東考古學，近東考古學和巴勒斯坦考古學
醫學系：人類醫學，分子醫學，神經和行為科學，神經信息處理，牙科，細胞與分子神經科學
經濟與社會科學系：會計與財務，商業管理，歐洲民主與治理，經濟與工商管理，經濟學和金融學，教育研究與教育心理學，文化學，成人/繼續教育學，歐洲經濟研究，教育學，歐洲管理，教育研究與發展，社會教育學/社會工作的研究與發展，和平研究和國際政治，綜合管理學，國際工商管理，國際經濟研究，管理經濟學，政治學，政治學/經濟學，數量經濟學，中學研究與中學發展，社會教育學/一般教育學，社會學，體育學，體育科學，體育科學與健康促進，體育科學與體育管理，國民經濟學
數學與自然科學系：天文學，環境地質學，生物化學，生物信息學，生物學，化學，地理，地質生態學，地球科學，人文地理/全球研究，計算機科學，認知科學，數學，媒體計算機科學，醫學計算機科學，納米科學，科學和技術，科學考古，古人類研究，自然地理/景觀系統科學，藥學，心理學，環境科學，中學教育心理學